1354年，帕竹地方政权建立后，绛曲坚赞在乃东设宗，成为西藏地方13个大宗之ー。到1642年，甘丹颇章政权建立，乃东境内共有乃东、温宗、颇章、亚堆、格巴等5个宗溪（卡），乃东为一级大宗，温宗为二级宗。
中华人民共和国成立后的1959年4月，乃东、泽当、颇章、亚堆合并为乃东县。5月，县人民政府成立。6月，温宗划归乃东县，琼结县色岗、衮当、白蓉3个村划归乃东县，全县共成立亚堆、颇章、昌珠、泽当、乃东、温区6个区。7月5日，成立克松农民协会。此后，6个区相继全部成立农民协会共计47个。协会选举1名主任，管理日常事务。10月，成立丁拉区。12月，撤销乃东区，乃东区所辖东嘎乡上东嘎部分划入昌珠区，下东嘎部分划入泽当区。年底，多颇章从泽当区划归温区管辖，成立多颇章乡；原属琼结宗的今金鲁金村划归乃东县；今措美县的卡珠乡划入乃东县，1960年，又划回措美县。全县辖亚堆、颇章、昌珠、泽当、温区、丁拉6个区，区下设34个乡，撤销协会。
1965年10月，开始成立人民公社，至1968年8月，全县34个乡逐步更名为人民公社，下辖167个生产队。1969年11月8日，乡更名为“革命领导小组”，1971年11月24日，更名为革命委员会，并成立各公社革命委员会。1978年9月撤销，恢复区公所名称。1979年11月，公社革命委员会更名为人民公社管理委员会。
1984年撤销人民公社，9月，区以下建立乡级人民政府。
1987年，进行撤区并乡，对原6个区、34个乡进行撤改。颇章区日苏乡划归亚堆区，与亚堆区原7个村一起分为曲德贡和曲德沃2个乡，每乡辖4个行政村，共8个行政村。颇章区余下的6个乡，撤并分为地新乡和颇章乡，地新乡辖4个村，颇章乡辖5个村。将泽当镇郭莎居委会划给昌珠乡，并分为郭莎与赞塘2个村，昌珠乡分为昌珠乡和卡多乡，各辖7个村。泽当镇划出金鲁居委会，单独成立金鲁乡，余下3个居委会仍由泽当镇管辖。温区划出多颇章乡单独成立多颇章乡，余下部分成立结巴乡。丁拉区改名索珠乡，其辖地不变。区改乡后，全县辖10个乡、1个镇、49个行政村、3个村级居委会。
1999年，对乡（镇）、村（居）委会行政区划进行调整，将原11个乡（镇）合并调整为5个乡、2个镇，下辖50个行政村（居）委会，319个自然村，118个村民小组。曲德贡、曲德沃二乡合并为亚堆乡，地新乡和颇章乡合并为颇章乡，昌珠乡和卡多乡合并为昌珠镇，撤销金鲁乡，与前卡多乡划出的郭莎、赞塘二村一起并入泽当镇，作为泽当镇的3个居委会。多颇章、结巴、索珠3个乡不变。
2008年，结合换届选举开展村级建制整合工作。换届选举后，原有50个村（居）委会整合为47个村（居）委会。
2016年1月7日经国务院批准，根据西藏自治区人民政府《关于同意西藏自治区撤销山南地区设立地级山南市的批复》文件批复，撤销乃东县，设立乃东区，以原乃东县的行政区域为乃东区的行政区域。6月5日，乃东区举行揭牌仪式。
2019年5月29日，根据乃东区人民政府《关于设立泽当街道办事处和11个社区实施方案的请示》（乃政〔2019〕20号），经市人民政府批准，2019年7月19日，山南市人民政府发布《关于同意设立泽当街道办事处的批复》（山政复〔2019〕1号）：同意撤销泽当镇，设立泽当街道办事处，以原泽当镇的行政区域为泽当街道办事处的行政区域。行政区划调整后，泽当街道办事处辖乃东、泽当、结莎、琼嘎顶、嘎玛庆、色嘎顶、罗布林卡、鲁琼、郭莎、金鲁、赞堂11个社区，总面积233.438平方千米，总人口53524人，街道办事处驻地乃东区英雄路21号。
2020年6月12日，根据多颇章乡人民政府《关于成立中共多颇章乡嘎东团结新村委员会的请示》（多党发〔2020〕40号），2020年6月15日，经一届区委第113次常委会研究，中共乃东区委员会《关于成立中共多颇章乡嘎东团结新村委员会的批复》（乃委〔2020〕51号）：同意成立中共多颇章乡嘎东团结新村委员会；同意中共多颇章乡嘎东团结新村委员会下设3个党支部，同意3个党支部书记由村党委委员担任，如搬迁党员群众人数增加，可根据实际增加下设的党支部数量；同意中共多颇章乡嘎东团结新村委员会设书记1名、副书记1名、委员5名。
2023年2月28日，根据乃东区人民政府《关于调整泽当街道办事处和部分村（社区）行政区划的请示》（乃政发〔2023〕16号），拟将结巴乡滴新村、多若村进行村改居委会后纳入街道办事处，将琼嘎顶社区调整为琼嘎顶社区、萨热社区，将罗布林卡社区调整为罗布林卡社区、贡康社区，将结莎社区、嘎玛庆社区调整为结莎社区、嘎玛庆社区、红星社区；将泽当街道办事处调整为泽当、乃东、结莎3个街道办事处。经4月17日山南市委编委会研究，按照有关法律法规规定及《山南市人民政府关于乃东区泽当街道办事处和部分村（社区）行政区划调整的批复》，新设乃东街道办事处、结沙街道办事处，作为山南市乃东区人民政府的正科级派出机关；同意乃东街道办事处、结莎街道办事处，各设置党政综合、经济发展、平安建设、城市管理等党政办公室，各党政办公室均不定级别；同意乃东街道办事处、结莎街道办事处，各设立综合政务服务中心、网格化管理中心、社区卫生服务中心等事业单位，均为副科级，经费形式为全额拨款。同步优化泽当街道办事处单位设置，数量精简至3个；新设2个街道办所需行政编制由乃东区调剂解决。各核定领导职数11名，职位的设置按照有关规定办理；为乃东区核增事业编制30名,用于街道办事业单位设立和调整用编需求，不足部分由乃东区调剂解决。各事业单位领导职数，按照《中共中央组织部中央编办关子规范事业单位领导职数设置的意见》和山党办发〔2021〕15号文件执行；同意乃东路派出所更名为乃东街道派出所，格桑路派出所更名为结莎街道派出所。根据党中央关于推进基层整合审批服务执法力量的部署要求，撤销乃东区市场监督管理局派出机构城南市场监管所和城北市场监管所，行政编制由乃东区统筹使用，领导职数全部核销；乃东街道办事处、结莎街道办事处“三定”规定制定和泽当街道办事处“三定”规定修订工作，按照有关规定办理，20个工作日内向市委编办备案。市级核增下达的事业编制和乃东区为街道办调剂的编制，在机构编制统计年报时列入乡镇层级统计。其他未尽事宜，由市委编办负责协调和解释。
2024年，乃东区辖3个街道：泽当、乃东、结莎；1个镇：昌珠；5个乡：颇章、结巴、多颇章、索珠、亚堆；28个社区、28个村。
泽当街道 辖6个社区：泽当、琼嘎顶、萨热、鲁琼、滴新、多若。
乃东街道 辖6个社区：乃东、色嘎顶、罗布林卡、贡康、赞堂、郭莎。
结莎街道 辖4个社区：结莎、嘎玛庆、红星、金鲁。
昌珠镇 辖12个社区居民委员会：昌珠、克松、茶如、洞嘎、玉莎、门中岗、扎西曲登、扎西妥门、克麦、白蓉、色岗、卡多。
颇章乡 辖9个村委会：格拉、雪、布仁、斯堆、哈鲁岗、达当、地新、夏果、阿巴。
结巴乡 辖4个村委会：结巴、格桑、门中、桑嘎。
多颇章乡 辖3个村委会：索朗、布麦、嘎东团结新村。
索珠乡 辖4个村委会：索珠、丁拉、恰当、支岗。
亚堆乡 辖8个村委会：亚桑、热木那、曲德贡、支那村、才朋、郭乃、曲德沃、日苏。
