1354年，帕竹地方政权建立后，绛曲坚赞在乃东设宗，成为西藏地方13个大宗之ー。到1642年，甘丹颇章政权建立，乃东境内共有乃东、温宗、颇章、亚堆、格巴等5个宗谿(卡)，乃东为一级大宗，温宗为二级宗。
1959年3月，随着平叛改革，乃东、泽当、颇章、亚堆合并为乃东县。5月，县人民政府成立。6月，温宗划归乃东县，琼结县色岗、衮当、白蓉3个村划归乃东县，全县共成立亚堆、颇章、昌珠、泽当、乃东、温区6个区。7月5日，成立克松农民协会。此后，6个区相继全部成立农民协会，共计47个。协会选举一名主任，管理日常事务。10月，成立丁拉区。12月，撤销乃东区，乃东区所辖东嘎乡上东嘎部分划入昌珠区，下东嘎部分划人泽当区。年底，多颇章从泽当区划归温区管辖，成立多颇章乡;原属琼结宗的今金鲁金村划归乃东县;今措美县的卡珠乡划入乃东县，1960年，又划回措美县。全县辖亚堆、颇章、昌珠、泽当、温区、丁拉6个区，区下设34个乡，撤销协会。
1965年10月，开始成立人民公社，至1968年8月，全县34个乡逐步更名为人民公社，下辖167个生产队。1969年11月8日，乡更名为“革命领导小组”，1971年11月24日，更名为革命委员会，并成立各公社革命委员会。1978年9月撤销，恢复区公所名称。1979年11月，公社革命委员会更名为人民公社管理委员会。
1984年撤销人民公社，9月，区以下建立乡级人民政府。
1987年，进行撤区并乡，对原6个区、34个乡进行撤改。颇章区日苏乡划归亚堆区，与亚堆区原7个村一起分为曲德贡和曲德沃2个乡，每乡辖4个行政村，共8个行政村。颇章区余下的6个乡，撤并分为地新乡和颇章乡，地新乡辖4个村，颇章乡辖5个村。将泽当镇郭莎居委会划给昌珠乡，并分为郭莎与赞塘2个村，昌珠乡分为昌珠乡和卡多乡，各辖7个村。泽当镇划出金鲁居委会，单独成立金鲁乡，余下3个居委会仍由泽当镇管辖。温区划出多颇章乡单独成立多颇章乡，余下部分成立结巴乡。丁拉区改名索珠乡，其辖地不变。区改乡后，全县辖10个乡、1个镇、49个行政村、3个村级居委会。
1999年，对乡(镇)、村(居)委会行政区划进行了一次调整，将原11个乡(镇)合并调整为5个乡、2个镇，下辖50个行政村(居)委会，319个自然村，118个村民小组。曲德贡、曲德沃二乡合并为亚堆乡，地新乡和颇章乡合并为颇章乡，昌珠乡和卡多乡合并为昌珠镇，撤销金鲁乡，与前卡多乡划出的郭莎、赞塘二村一起并入泽当镇，作为泽当镇的3个居委会。多颇章、结巴、索珠3乡不变。
2008年，结合换届选举开展村级建制整合工作。换届选举后，原有50个村（居）委会整合为47个村（居）委会。
2016年1月，国务院批复同意撤销乃东县，设立乃东区，以原乃东县的行政区域为乃东区的行政区域。6月5日，乃东区举行揭牌仪式。
2019年7月，撤销泽当镇，设立泽当街道办事处，9月乃东、泽当、结莎3个社区管辖区域调整为泽当、乃东、结莎、琼嘎顶、嘎玛庆、色嘎顶、罗布林卡、鲁琼8个社区。郭莎、金鲁、赞唐3个社区管辖区域不变，一并隶属于泽当街道办事处。
2019年末，乃东区辖1个街道：泽当，1个镇：昌珠，5个乡：颇章、结巴、多颇章、索珠、亚堆；23个社区、29个村。
泽当街道 街道办事处驻乃东社区。辖11个社区：乃东、泽当、结莎、琼嘎顶、嘎玛庆、色嘎顶、罗布林卡、鲁琼、郭莎、赞塘、金鲁。
昌珠镇 辖12个社区居民委员会：昌珠、克松、茶如、洞嘎、玉莎、门中岗、扎西曲登、扎西托美、克麦、白荣、色康、卡多。
颇章乡 辖9个村委会：格拉、雪、布仁、斯堆、哈鲁岗、达当、地新、夏果、阿坝。
结巴乡 辖6个村委会：结巴、格桑、门仲、多若、约公、桑嘎、滴新。
多颇章乡 辖2个村委会：索朗、布麦。
索珠乡 辖4个村委会：索珠、丁拉、恰当、支岗。
亚堆乡 辖8个村委会：亚桑、热木那、曲德贡、支那村、才朋、郭乃、曲德沃、日苏。
