约在4万～5万年前，藏族先民们就已在今雅鲁藏布江南岸的雅砻地区居住。
公元前127年，部落酋长聂赤从波沃（即波密）来到乃东雅砻地区后，被众人拥立为雅砻“蕃”部落首领，成为西藏历史上第一位赞普。聂赤将努部首领等小邦收为属民，修建雍布拉康，首府设在雍布拉康附近的俄日吉雪，治理乃东一带。第九代赞普将首府转移至青域(今琼结)，使乃东一带成为西藏的政治中心。松赞干布统一西藏高原后，633年，在拉萨建政治中心。松赞干布与文成公主常到乃东，在雍布拉康居住。吐蕃政权时期，西藏行政与军事上划分为5个茹(翼)和61个东岱(千户部)，今山南市范围在五茹之一的沃茹管辖范围之内，治所在今乃东区昌珠。乃东区范围相当于沃茹的雅砻东岱(千户)管辖范围。雅砻下部，即亚达，设有域一参（吐蕃时期的行政机构），配域参本一职。
吐蕃末代赞普达玛被刺后，沃茹达玛之子约松占据乃东。869年，“邦金洛”平民大起义暴发，迅速席卷了包括乃东在内的整个山南地区，乃东成为平民起义进攻的主要目标之一，起义彻底覆灭了吐蕃奴隶制政权，出现割据政权。乃东的上雅砻(亚堆)由钦姆氏和聂氏家族为首建立的两个官长贵族统治。颇章地新以下的亚达地区则在达玛之子约松的统治之下。约松子贝考赞死后迎请拉萨云丹后裔赤德滚赞为首领。其后，约松的第四代后裔赤穷占据雅砻，居琼结青哇达孜宫，扩展势力，为雅砻觉阿王系之祖。赤穷的孙子玉坚在雅砻为首领，居乃东结莎和琼结唐波且。1037年，乃东由雅砻觉阿王系统治。
1235年，丹玛贡尊任帕竹总管，统治乃东等地。1240年，窝阔台子阔端王派多达那波将军率蒙古兵入藏，控制了包括乃东在内的西藏地区，帕竹万户及其属下亚桑千户归顺。
1254年，帕竹多吉贝三次到元都，被元朝中央封为万户长。多吉贝回藏后，将万户府址从扎囊的冲准扎喀迁到乃东南杰岗，建乃东、哈鲁岗、卡多等谿卡寺庙，统治乃东等地，开创了帕竹万户强盛的基业。
1268年，忽必烈派阿贡、米林等官员会同萨迦本钦释迦桑布第二次清查户口，同时正式划定十三万户。乃东归帕竹万户(元史作伯木古鲁万户)，驻地乃东，包括今泽当、昌珠、颇章和亚堆的大部分及温地，其间上部温地和多颇章曾先后被甲玛万户和止贡万户分别占领。1272年，亚桑千户从帕竹分出，建立亚桑万户(元史作牙里不藏思巴万户)，驻地今亚堆的亚桑村亚桑寺旧址，在乃东县主要占有今亚桑村和曲德贡村一带。
1302年，绛曲坚赞继任帕竹万户第十任万户长，管辖乃东江南直到亚堆的曲德贡北部一带及温地的一半，曲德贡及以南部分属亚桑万户。绛曲坚赞依靠乃东的地理自然优势和自身能力，凭借武力先后战胜了蔡巴、止贡和亚桑等万户，兼并了前藏大部分地区，并乘萨迦地方政权内讧之机，1354年，推翻萨迦政权，建立帕竹地方政权，被元朝封为“大司徒”，确立了在西藏的统治地位。绛曲坚赞执政期间，废除了万户制度，创建了宗谿制度，建立13个宗，下设谿堆。帕竹政权时期，在乃东范围内未建宗，只是在原多吉贝所建谿卡的基础上增建谿卡，作为最基层的行政管理机构。1385～1432年，阐化王扎巴坚赞建立格桑谿卡。1618年，辛厦巴・彭措南杰推翻帕竹地方政权，建立嘎玛嘎地方政权，乃东归其管理，仍维持帕竹谿卡建制。
1642年，五世达赖凭借青海和硕特蒙古固始汗兵力，建立甘丹颇章地方政权。期间，1650年到1657年，帕竹政权后裔5次向清朝中央朝贡，1652年，派人进京上缴明朝旧敕印，换取清朝新印，1657年，顺治皇帝册封帕竹后裔彭措坚赞为阐化王。1751年，噶厦在乃东设宗，任命宗本，为一级大宗。其地域内先后建立颇章、亚堆、格巴三大谿卡，在今江北的结巴、索珠，即温地，设宗级的温地扎喀宗。乃东宗设五品俗官宗堆，即大缺营官二名，为大宗。温扎喀宗驻地今结巴乡扎喀雪后面，设六品僧俗各一名的谿堆，即中缺营官;亚堆设七品俗官宗堆二名;颇章设七品俗官谿堆一名。
1909年，噶厦在山南设洛嘎基巧(山南总管)，乃东、温扎卡仍设宗。乃东宗为一级宗，配宗本二名，为一僧一俗五品官员，配一名孜仲，一名仲科，由“洛基”发给任命书及两种印章。温扎喀宗属于二级宗，管辖整个温地，驻地今结巴乡扎卡雪，后驻格桑，配有宗堆。颇章谿和亚堆谿仍存，均属洛嘎基巧领导。
1912年，噶厦在泽当设嘎曲聂章，配一僧一俗五品官员进行管理，属宗级，但与颇章、亚堆一样，名义上属乃东宗管，乃东地域共有5个宗。
1956年9至10月，自治区筹备委员会先后成立乃东宗和温宗办事处，隶属自治区筹备委员会山南总管办事处。1957年，根据中央“六年不改”的方针，6月撤销乃东宗和温宗办事处，乃东宗辖地包括今亚堆(上雅砻)颇章、昌珠、泽当和金鲁的鲁、甲两村庄(金村属琼结宗管辖)及多颇章今桑日县的江乡(有泽当嘎曲聂仓的谿卡乃东宗德吉康沙的几户差民)。今江北的结巴、索珠属温扎喀宗管理。地域内共有74个谿卡、61座寺庙。此外乃东宗还代管今曲松的却巴地方，有土地16顿，为乃东宗支差。1959年3月，平叛改革，4月，乃东、泽当、颇章、亚堆合并为乃东县，6月，温宗地域并入乃东县。至2019年，维持其建置。
